С целью реализации функций национального медицинского исследовательского центра в соответствии с федеральным проектом «Развитие сети национальных медицинских исследовательских центров и внедрение инновационных медицинских технологий» в октябре 2018 года создан организационно-методический отдел.
В отделе работают врач-методист и специалист.
Отдел осуществляет организационно-методическую работу в соответствии с планом мероприятий по осуществлению функций НМИЦ по профилю «офтальмология» с шестью закрепленными регионами: Волгоградская область, Астраханская область, Саратовская область, Ростовская область, Ставропольский край, Республика Калмыкия.
Основными направлениями организационно-методической работы являются: организационно-методическое руководство медицинскими организациями третьего уровня закрепленных субъектов РФ, аналитическая деятельность, формирование предложений по совершенствованию оказания медицинской помощи по профилю «офтальмология».